La fragmentación de hábitat es un proceso de cambios ambientales importante para la evolución y la biología de la conservación. Usualmente es definida como aquel proceso en el cual una gran extensión de hábitat es transformada en un número de parches más pequeños que se encuentran aislados entre sí por una matriz con propiedades diferentes a la del hábitat original.^[1]​

El paisaje se fragmenta de forma progresiva, aumentando el contacto entre los parches y la matriz. Dado que los límites entre ambos no son tajantes, en las regiones de contacto se establece una transición denominada borde cuya extensión estará determinada principalmente por las propiedades de la matriz. En consecuencia, la proporción de hábitat que permanece relativamente intacta es una función compleja entre la forma y el tamaño de los parches, y la naturaleza de la matriz.^[2]​ No obstante, la fragmentación es un proceso que trasciende la interacción parche-matriz, teniendo implicaciones a nivel ambiental. De hecho, para que verdaderamente ocurra es necesario que exista discontinuidad en el paisaje,^[3]​ un atributo que obliga a ampliar a escala regional el estudio del fenómeno. La continuidad o conectividad de un hábitat está influida tanto por la localización física de los fragmentos, como por las características del ambiente circundante.^[2]​^[4]​

Si bien la fragmentación no es un proceso puramente antropogénico ya que puede resultar de sucesos naturales (como incendios o procesos geológicos), la causa más importante y extendida de la fragmentación es la expansión e intensificación del uso de la tierra por parte del ser humano.^[5]​ Esto, sumado a que se han constatado severas amenazas a la biodiversidad en virtualmente todos los grupos taxonómicos,^[6]​^[7]​^[8]​^[9]​^[10]​ ha colocado a la modificación y la fragmentación del paisaje como uno de los temas más graves y urgentes dentro de la ecología de la conservación.^[11]​

El estudio de la fragmentación tiene sus orígenes en la teoría de la biogeografía de islas,^[12]​ que pone énfasis en los efectos del área y del aislamiento en la estructura del paisaje. Estos autores afirmaron que el número de especies en una isla (o parche) estaba determinado por el equilibrio entre la colonización (dependiente de la distancia) y la extinción (dependiente del área), prediciendo que las islas más pequeñas y aisladas tendrían menor número de especies. Pero como todo modelo, solo tienen en cuenta algunos elementos importantes de los sistemas, ignorando muchos otros;^[13]​ dando lugar a otros enfoques.

Bascompte y Solé^[14]​ sugieren que la mejor forma de estudiar la fragmentación del hábitat es a través de modelos relacionados con la dinámica de metapoblaciones, que describen la dinámica de un conjunto de poblaciones locales que ocupan áreas discretas.^[15]​ Este enfoque es mucho más dinámico y se diferencia de la teoría de biogeografía de islas en que asume el paisaje como una red de pequeños parches que no poseen un área constante en el tiempo, haciendo hincapié en la dispersión entre parches como principal mecanismo de supervivencia de las especies.^[15]​ Es decir que al no existir un área fija, una dispersión inadecuada llevaría no solo a la extinción local de las especies si no también a la extinción regional. Por otro lado, el modelo de Wilson y MacArthur supone que hay un continente que funciona como fuente de propágulos de las especies que llegan a las islas, mientras que en la teoría de metapoblaciones se trata de una red de islas o fragmentos de hábitat con migraciones bidireccionales entre las islas.